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No entiendo muy bien el código, pero parece que usas dos timers, uno para cada 'pin'.
Si es así, es un error, quiero decir que lo que tienes que hacer es leer el puerto una sola vez y de ahí obtener el valor de cada 'pin'.
Saludos
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Cuando los grillos cantan, es que es de noche - viejo proverbio chino -
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