Hola.
Yo no controlo mucho de MySql, te contesto por la experiencia que tengo con otras bases de datos. El problema es que a lo mejor te falta algún registro en alguna de las tablas con la que estás relacionando la tabla "Obras", o que en algunos de los campos relacionados tiene un "null".
Imaginate que en algunos registros tienes en los campos "Encargado" y "Firmado_por" el valor null, y quieres que te aparezcan en la consulta, entonces tendrás que usar algo así.
Código:
Select
Nro_Ob as Nro,
Nombre_Obra,
Razon_Social as Nombre_Cliente,
Fecha_Contrato,
Precio,
Sigla,
Fecha_I as Fecha_Inicio,
Plazo,
Lugar,
Firmado_Parte_Contraria,
Estado as Estado_Actual,
Descripcion,
e.Nombre as Encargado,
f.Nombre as Aprobado_Por
from Obras o
LEFT JOIN Empleado e ON o.Encargado=e.ci
LEFT JOIN Empleado f ON o.Firmado_Por=f.ci
,Moneda m,Cliente c
Where o.Cliente=c.Cod_Cli and o.Moneda=m.Cod_Mo
Espero que esto te sirva, por lo menos de orientación.