Te comento que fue lo que hice yo en un caso parecido al tuyo. No es nada del otro mundo pero a mi me funciona:
La primera vez que arranca la aplicación ejecuta un archivo bat con el siguiente comando:
Código:
D:\AppServ\MySQL\bin\mysql -h localhost -u root -pmi_pass < C:\base_datos.sql
lo que hace esto es usar el dump de mysql para instalar la base de datos. Por supuesto tenés que conseguir la ruta en la que el cliente tiene instalado mysql (yo lo que hago es que el cliente browsee el directorio de instalación de mysql, o lo podés averiguar vos accediendo a la variable de entorno PATH del sistema operativo) y tenés que agregar un archivo sql con la definición de la base de datos que quieras instalar. Después de eso ya no tenés problemas.
En definitiva, yo lo que hago es crear el archivo bat con la ubicación del directorio bin que me da el cliente, lo ejecuto y luego lo elimino.
Espero que te sirva.
Saludos!