Hola,
¡Y es una bueenaa persooooonaaaaoaoaoa! (Léase cual flamenco cantando por soleares)
No sé si eso de que los archivos comprimidos utilizan la carpeta temporal de Windows es realmente siempre así. Creo recordar que en algún componente que he usado (Turbo Power Abbrevia) esto era algo opcional. Sea como fuese, siempre que no supusiese una merma en el rendimiento, y, tal como dices, los archivos pueden estar cifrados, de modo que en caso de que llegasen al disco duro, estarían cifrados, y tú desde tu aplicación podrías descifrarlos al momento de usarlos. Aunque igual en esto no estoy tampoco del todo en lo cierto, porque, si tú quieres usar una imagen (LoadFromFile()) habrás de tener un archivo "en claro", no cifrado. Tal vez pase el tema por tratar de evitar la carpeta temporal, y también por cifrar y descifrar "en memoria" (igual esto es una gilipollez) y trabajar de ese modo.