Si deseas seguridad en la Base de Datos, la verdad esque tablas planas o alguna Base de Datos de escritorio no te va aservir. Para que la cosa sea segura debes mirars SGBD's "serios".
La otra opción tal como tú planteas es utilizar una Base de Datos sencilla, incluso tablas planas, XML, o similar y aplicar tú algoritmos de encriptación para mantener la información no visible.
Si deseas hacer esto segundo,
aquí puedes encontrar muchos componentes y clases para encriptar con diferentes sistemas.
Si haces
una búsqueda similar a esta en
Koders, también encontrarás muchos resultados que te pueden ser útiless.