Hola, según lo que he podido averiguar, debes aumentar el valor de wait_timeout de MySQL,
y para consultas grandes, que traen muchos datos, hay que aumentar el valor de max_allowed_packet a 16 Mb
wait_timeout=288000
max_allowed_packet=16M
mira este enlace
http://www.zen-cart.com/forum/showthread.php?t=108670
Causas del error
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/gone-away.html