Es que se necesita de ese tercero del que quereis desprenderos
Para comprobar que tu certificado digital es válido (que no ha expirado o ha sido revocado) necesitas internet para acceder a tu OCSP (Online Certification Status Protocol) y que garantice que puedes firmar en ese mismo momento que quieres hacerlo.
INTECO (Instituto Nacional de Tecnologias de la Comunicación) también tiene otro programa hecho en java para firmar documentos (PDF o lo que quieras).
Por cierto, los certificados por software (alojados en el explorador web) no es lo mejor de lo mejor... es preferible tenerlos en tarjeta criptográfica, más cuando
cryptokit sólo cuesta 35 €