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Si la base de datos va a estar en el mismo ordenador, la única solución es usar los permisos como en linux, supongo que con windows se podrá hacer algo parecido, aunque copiar, lo que se dice copiar, seguro que la podrán copiar.
Tan sólo te quedaría entonces el método de encriptarla, que también la pueden copiar y luego "con más calma" intentar desencriptarla.
De todas formas, si le instalas a un cliente tuyo el programa y la base de datos, en esa base de datos estarán los propios datos de ese cliente, son suyos, ¿para qué va a querer encriptarla?.
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