Sé lo que quieres hacer, pero se me ocurre que si una tabla es réplica de la otra convendría:
1. Una vez terminados los cálculos, reemplazar los registros modificados y copiar los nuevos en la réplica.
2. Consulta cómo realizar una réplica a nivel de tabla en SQL Server 2005.
De todas formas, si insistes en realizar los cálculos dos veces, pues la consulta podría ser del tipo:
Código SQL
[-]
SELECT A.* FROM "Table1" A
JOIN "Table2" B ON A."Id" = B."Id" AND A."Value" <> B."Value"
Esta consulta retornaría todos los registros de "Table1" que tienen un valor (campo "Value") diferente en "Table2".