Haciendo algunas pruebas resulta que mi ejemplo anterior funciona, pero no creo que sea lo que vos querés porque el programa se ejecuta antes de empezar la instalación propiamente dicha, pero después de pasar por todas las ventanas previas. Es decir, te pregunta la ruta, las opciones de instalación, etc. y después, justo antes de ponerse a copiar archivos, ejectua el programa.
Otra alternativa mucho mejor:
Código:
procedure CurPageChanged(CurPageID: Integer);
var Error: Integer;
begin
if CurPageID = wpWelcome then
ShellExec('', 'c:\programa.exe', '', '', SW_SHOW, ewWaitUntilTerminated, Error);
end;