Bueno, termino resolviendo yo el hilo, para que si algún hijo de vecino, luego llega por casualidad aquí sepa como resolver el problema.
Existe una aplicación llamada SoX (Sound eXchange), que es una aplicación de línea de comando, multiplataforma, que permite realizar operaciones de transformación y mergeo de archivos de audio de diversos formatos.
Ese fue el camino que escogí para solucionarlo.
Gracias a los que aportaron
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