Alguna otra prueba...
Desconecta TODOS los componentes visuales que tengas asociados a esa consulta y lánzala de nuevo (no creo que tenga nada que ver, pero pruébalo).
Guarda las consultas en algun LOG antes de lanzarlas y comprueba luego la longitud de las que te fallan. No estén rebasando un límite (256, 512,...).
Comprueba también que las que te fallan no tengan ningun caracter extraño (acentos, ñ,...)
A veces con algun WHERE por fechas o similar puede dar problemas (separadores). Comprueba que las que fallan no tengan algo en común...
P.D: En estos momentos ya estamos consultando la bola de cristal...