Si no recuerdo mal, desde Inno Setup puedes lanzar otros instaladores sin problemas. Si quieres personalizar más tu instalador, desde la msisma página de Inno, creo recordar que puedes acceder a herramientas de terceros que te permiten programar y ańadir tus propios formularios al instalador.
Otra opción es no utilizar el instalador de Firebird y usar uno de los muchos scripts que se pueden encontrar en internet para instalar desde Inno directamente FB, aunque en ese caso no dispondrías de las opciones que comentas para comprobación de versiones.
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