Hola. Gracias por las respuestas.
La verdad es que la decisión de instalar una u otra versión se basa en esta documentación:
http://www.firebirdsql.org/manual/es/qsg15-es-classic-or-super.html
Para linux, dice que da igual cual elija que no habrá diferencia de rendimiento, así que opté por la solución que parece ser la que se va a desarrollar, o sea la superserver. De todas formas haré lo que decís y lo pasaré a la versión classic server a ver si así va mejor.
Un saludo.