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Pero entonces no estamos hablando de un script sino del tamaño del conjunto de registros que regresa una consulta.
La verdad que no me he dado el tiempo de investigar cómo romper la limitación ya que también a mí me sucede. He terminado haciendo algo quizá no muy elegante pero sí mucho más eficiente que phpMyAdmin: uso mysqldump en el servidor origen para vaciar la tabla en un archivo (digamos tabla.sql), copio el archivo con ftp al servidor destino y ahí uso mysql < tabla.sql
Te garantizo que a fin de cuentas es mucho más rápido.
// Saludos
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