En un principio haria lo sig.:
1) Los datos de los empleados (ni decirlo),
2) Una tabla con las distintas formas de trabajo (tipo calendario algo asi)
3) y para vincular las dos, armaria algo como (este empleado a partir de tal fecha trabaja con esta forma de trabajo y le armo el calendario y/o programa del mes siguiente para saber si ingresa tarde y demas controles)
espero haberme explicado bien, por lo que entendí estuve trabajando hace un tiempo con algo parecido.
