Mira, de primeras.
1-Haz que tu programa se inicie al iniciar windows
2-Haz que al iniciarse tu programa se inicie en la barra de herramientas (al lado del reloj)
3-Puedes crear un semáforo que inicie el cronómetro al iniciarse el programa externo que tu desees.
Por ejemplo poniendo un timer que encuentre la ventana:
var wnd:HWND;
wnd := FindWindow (Nil,'Messenger');
if wnd<>0 then.....tu código, nose si me he explicado,
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