A ver. En general podría decirse que en una aplicación web te vas a encontrar más dificultades para crear interfaces amigables, aunque se ha avanzado mucho y hay bibliotecas que tienen widgets muy buenos. Pero en sí, no veo que esto que describas no puedas hacerlo en web. Ni siquiera veo porqué optaste por hacerlo así (enlazar con MAPI) en la aplicación de escritorio.
Todo, adjuntos, encabezados, texto predeterminado, etc. lo puedes hacer en una aplicación web.
// Saludos
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