Según lo veo yo, no pretende inyectar código sino alterar el archivo.exe. La inyección trata de alterar el flujo de un programa en ejecución añadiendo código desde un proceso externo, pero no altera el archivo ejecutable original.
Si queremos alterar un ejecutable, lo mas sencillo es mediante otra aplicación.
El proceso sería:
1.- Programa principal encuentra datos para modificarse a sí mismo.
2.- Programa principal llama a programa secundario y le pasa los datos como parámetros, en un archivo.... Después se cierra.
3.- Programa secundario abre el archivo ejecutable del programa principal y realiza las modificaciones reescribiendo el exe. Después reabre al programa principal y muere.
El proceso puede realizarse también para modificar una dll del programa principal, en ese caso basta con descargarla y es el propio programa principal el que realiza los cambios para recarga después.
El problema está en realizar correctamente los cambios para no dejar inservible nuestra aplicación.
Saludos.
PD.
Aquí aparece también tratado el tema de la inyección con un ejemplo interesante.