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Tienes control sobre esa estructura? Puedes cambiarla?
Muchas veces los programas se complican porque la estructura es complicada. Es mucho mas simple optimizar los datos, que los algoritmos.
Si no puedes cambiarla, haz de todas maneras la tarea de pensar como seria su representacion ideal. Entonces puedes armarla en memoria, y leer de alli (si no es un archivo muy grande, o sea, de mas de 1 GB)
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