Mmm... nop! No me parece complicado.
Ahora te explico:
Creo que todo depende del público objetivo de tu aplicación. Si tu aplicación está dirigida para ser instalada por personal calificado en la ciencia, creo que con una pequeña guía no se sentirán tan perdidos al hacer la instalación de MySQL más la de tu aplicación.
Por otro lado, siempre he dicho que parte de la pericia de un desarrollador es saber elegir el motor de DB sobre el que funcionará nuestra aplicación. Un motor de base de datos, por más que nos guste no tiene un uso universal. En cada caso o proyecto siempre debemos evaluar muchos parámetros para elegir el motor adecuado.
Por ejemplo, en una aplicación que desarrollé, llamada
Biolab, el instalador instala una copia de Firebird Embeded junto a la aplicación, pero también incluye el instalador del servidor completo de FB. En su momento, diseñé la aplicación para que cuando el usuario llegara a un punto donde era necesario un servidor completo, la aplicación le hiciera saber al usuario que esa funcionalidad dependía de un servidor completo de Firebird. La misma aplicación proporcionaba un enlace al instalador. Mi objetivo final era que la aplicación funcionara "out of the box", sin que el usuario tenga que estar instalando ninguna dependencia, solo la aplicación en si.
Saludos,
Chris