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Más o menos es lo que he hecho yo alguna vez.
1) Un campo en la Base de Datos que marca la versión.
2) Utilizando herramientas específicas para ello (DataBase Comparer), a cada versión obteníamos el Script que permitía actualizar la Base de Datos a la ueva versión.
3) Con cada actualización de la aplicación se incluían los Scripts convenientemente numerados.
4) Al ejecutar la actualización se lanzaban los Scripts necesarios (de forma ordenada) para pasar de la versión actual a la nueva.
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