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A parte de eso, utiliza una herramienta de control de versiones, como subversion o mejor aun mercurial o git.
Lo que hago es que tengo un archivo SQL con el esquema completo de la BD y todos los cambios se hacen sobre el. Luego tengo varios Upgrade-NUMVERSION.sql que tienen los cambios.
Al combinar ambas cosas, tienes un versionado completo.
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