De ante mano muchas gracias por las respuestas y consejos, sus respuestas han sido de gran ayuda; me iré sobre la primera recomendación:
1) Agregar en la base de datos destino un campo con el numero de revisión.
2) Con IBExpert en la información de de registro de la base de datos, hay manera llegar un log de cambios tanto en la metadata, los scripts y hasta de los sql`s que se ejecutan, la opción se llama Archivos de Bitácora. Probé con DataBase Comparer, pero son mas pasos seguir y genera unos scripts muy grandes.
3) Con cada actualización de la aplicación se incluirán los Scripts convenientemente numerados. (aquí es posible que se me complique un poco mas ya que como requerimiento las actualizaciones las obtendrá del Internet, que locura!
)
4) Al ejecutar la actualización se lanzaran los Scripts necesarios (de forma ordenada) para pasar de la versión actual a la nueva.
Les cuento como va!