Pues parece que mi memoria falla porque hace (mucho) tiempo estuve en tu misma situación, y cuando desde el Explorer marcaba varios archivos y le decía que los abriera mi aplicación, lo que pasaba era que dicho Explorer arrancaba mi programa y le pasaba todos los archivos vía parámetros (funciones ParamCount y ParamStr), y nunca me tuve que preocupar de si abría o no una instancia por archivo. ¿Ha cambiado esto con los Windows más modernos? ¿O quizá es algo relacionado con la configuración? Mencionas el registro: ¿no habrá una opción relacionada con esto?
De todas formas seguro que el objeto Application puede usarse para esto, o no.
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