Mi ERP es multiempresa.
En una tabla se definen las empresas y a cada una se le asigna un ID.
En casi todas las demás tablas, agrego este ID para identificar a qué empresa pertenece el dato. Por ejemplo Clientes tiene una estructura
ID_EMPRESA, ID, NRO_CLIENTE, NOMBRE, ...
Si haces un índice en las tablas que tenga en cuenta primero el ID de la escuela y luego el ID de la tabla no deberías tener ningún problema.
En el caso anterior, el indice es ID_EMPRESA, ID.
Tengo tablas con millones de registros y la búsuqeda indexada no tarda nada (milisegundos)
Trabajo con Firebird y te lo recomiendo!
Pequeño ejemplo de como yo armaría la base de datos:
ESCUELA : ID, NOMBRE, DATOS ...
PROFESOR: ID_ESCUELA, ID, NOMBRE, DATOS ...
CLASE : ID_ESCUELA, ID, HORARIO, ID_PROFESOR, DATOS ...
MATERIA : ID_ESCUELA, ID, NOMBRE, DATOS ...
ALUMNO : ID_ESCUELA, ID, NOMBRE, DATOS ...
//Clases a las que asiste un alumno
ALUMNO_CLASE : ID_ESCUELA, ID_ALUMNO, ID_CLASE
//Control de asistencia a las clases
ALUMNO_ASISTENCIA : ID_ESCUELA, ID_ALUMNO, ID_CLASE, FECHA, ...