Usas hilos? Quizás una mala sincronización entre ellos este causando el problema.
Mi recomendación es: desglosa el problema en problemas simples, hasta que encuentres cual da el problema (cuanto problema XD), es decir crea programas con partes de tu código que tu pienses que son las mas factibles de error y ejecútalas en bucle hasta que reproduzcas el error, de esta forma podrás ir acortando ese código hasta llegar ala función más simple. Esta forma de corrección me a ayudado en el mismo tipo de problemas (punteros inválidos debes en cuando), varias veces en el pasado.
También prueba en otra PC, cabe la posibilidad de que sea un problema de SO (a xp le encanta mostrar estos errores, casi sin justificación), o en el mas extraño de los casos, error de hardware.
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