Es como dice Roman, tienes que anidar los IFs algo asi:
Código SQL
[-]
select campo1, campo2,
IF(TDC=1 and LDC=3 and CCC=4 and XCC5,'Caja1', IF( TDC=1 and LDC=3 and CCC=4 and XCC5 AND SDC<>1, 'Caja2', 'Cualquiera') ) as num_caja
from tabla
De esta forma el conjunto de IFS anidados se convierte en el campo "num_caja" (podrías ponerle el nombre que quieras)
También se puede escribir así para mejor lectura:
Código SQL
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select campo1, campo2,
IF(TDC=1 and LDC=3 and CCC=4 and XCC5, 'Caja1',
IF( TDC=1 and LDC=3 and CCC=4 and XCC5 AND SDC<>1, 'Caja2', 'Cualquiera') ) as num_caja
from tabla