Así tiene que funcionar, no sé si pueda ser una configuración de tu windows.
Yo nunca creo la base de datos con el charset, lo dejo en blanco.
Sólamente declaro los campos que me interesan con su charset y collation, según tu ejemplo:
Código SQL
[-]Nombre VARCHAR(50) CHARACTER SET ISO8859_1 COLLATE ES_ES_CI_AI
Aunque tampoco uso iso8859_1 sino utf8
Pero incluso sin declarar esos charset, siempre me ha funcionado las ñ,á,é, etc. con la configuración por
defecto, es por lo que comento que pueda ser algo de configuración de tu windows.