Puedes usar la fecha de modificación, recorres el directorio seleccionando las que tengan una fecha mayor de una determinada.
Esa última fecha comprobada puedes guardarla en un fichero de texto, por ejemplo, la lees, y seleccionas las que necesitas subir.
Enviarlas por ftp es simple, con los componentes indy, por ejemplo.
Edito: he modificado el título, más que nada porque sirve para las búsqueda y para que el sistema indique hilos similares. Mira al final de esta página, puede que haya algo que te sirva.
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