Claro, con Ubuntu Server puedes crear la VPN para la empresa y conectar con con Windows sin tener que instalar nada adicional ya que Windows trae todo eso listo. Tu solo configuras una conección VPN en redes y cuando se quiera conectar solo debe dar un par de click y listo (en Windows).
Incluso podrias usar el mismo servidor Ubuntu para alojar el motor y la base de datos.
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