Es que tu pregunta es muy ambigua y tiene una contestación muy amplia que depende de infinidad de factores. Deberías de "acotar" exactamente lo que necesitas, porque un módulo de facturación puede ser algo tan básico como una simple tabla o una gestión completa. De lo primero a lo segundo hay una diferencia enorme.
Básicamente lo que tú quieres son 2 tablas, una de cabeceras (resúmenes, maestro, o como quieras llamarla) y la otra de líneas de facturas (detalles, cliente, o como quieras llamarla)
Tabla cabecera, con los campos: id, numero, fecha, cliente, ...
Tabla lineas, con los campos: id, id_cabecera, articulo, cantidad, precio, ...
Así cada cabecera tiene un id único, y las líneas enlazan con su cabecera mediante el campo id_cabecera.
Eso es lo más básico. A partir de ahí, todo lo que quieras.
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