Hola ecfisa,
Gracias por tu ayuda, siguiendo el código que amablemente me proporcionaste como ejemplo, no pude tomar el Handle de FindWindowEx(hMain, 0, 'MDIClient', 0) así que investigando un poco mas la aplicación en ejecución con WinSight32, encontré que efectivamente había 2 procesos que se desprendían del mismo .exe, también encontré que la class del proceso que no podía tomar su Handle era simplemente "TMainForm" asi que con tu ejemplo del 'MDIClient' busque esta vez 'TMainForm' y pude tomar el handle del proceso directamente con FindWindow.
Aquí esta el código de como lo resolví en C++ Builder.
Código Delphi
[-]
HWND hMain,hAplication;
hAplication=FindWindow(0,"Etiqueta original de la aplicacion");
if (hAplication)
hMain=FindWindow("TMainForm",0);
if (hMain)