Hola Alejandro.
En mi caso funciona correctamente, ¿ Seguro que buscas la cadena indicada ?
Te pongo un ejemplo simple donde la cadena inicial es reemplazada sin problemas:
Código Delphi
[-]
var
Condicion1 : string;
begin
Query.SQL.Text := 'SELECT * FROM TABLA WHERE #Condicion_1_a_Incluir#';
ShowMessage('VALOR INICIAL: ' + Query.SQL.Text);
Condicion1 := 'NOMBRE = ''JUAN''';
Query.SQL.Text := StringReplace(Query.SQL.Text, '#Condicion_1_a_Incluir#', Condicion1, [rfReplaceAll]);
ShowMessage('NUEVO VALOR: '+Query.SQL.Text);
...
Saludos