Hola,
Ya lo logré con synapse modificando el demo que trae de sftp.
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Lo que hice fue comparar un ini en el ftp remoto, si es diferente el valor, salta la actualizacion y despues ejecuta el programa y sino directamente ejecuta el programa, quiza no sea elegante pero funciona.
La gracia es si en algun momento quiero actualizar el programa actualizador, pero bueno ya le buscare las vueltas.
Saludos