Hola Bluefox.
En el caso de MDI en el MDIForm se crea un área cliente donde son gestionados los MDIChilds y es a este a quíen son enviados los mensajes de las barras de desplazamiento.
Lamentablemente los diseñadores de Delphi 7 (que es la versión con la que trabajo) no declararon el método
ClientWndProc como virtual, pero aparentemente con versiones posteriores es posible sobreescribirlo:
ClientWndProc (Delphi).
De modo que si posees una versión posterior, creo que podrías capturar el mensaje
WM_VSCROLL dentro del método, recorrer los MDIChilds comprobando si estan minimizados y de ser así, reposicionarlos.
Saludos