Hola
Yo tampoco soy de BsAs, pero he usado algunas veces la importación de archivos TXT.
Será que cada vez que agregas un registro abres tabla/base de datos, ingresas el registro, generas el POST, haces un commit cierras tabla/base de datos???, esto multiplicado por dos archivos con mas de 3 millones de registros, puede que sea lento.
Si no es eso, no se que mas pueda ser.
Saludos