Entiendo por lo que pones en el primer post que la primera vez se pasan todos los datos y luego solo los nuevos. Opciones que se me ocurren:
- Si en la base de datos origen hay campos de fecha de creación, guarda en tu base de datos la fecha de la última actualización y añade sólo los posteriores a dicha fecha.
- Si la base de datos origen tiene campos Id autoincrementados, utiliza esos mismos en la tuya y añade sólo a partir de el último id importado.
- Sino? a pensar. Necesitaríamos más información.
Si no hay actualizaciones ni borrados debería bastar. En caso contrario, volveríamos al punto tercero.