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bueno, tienes un SQL Server, MySQL es un SQL Server, asumo que hablas del MICROSOFT SQL SERVER o MSSQL, porque tambien oracle es un sql server, o firebird, o postgresql tambien son SQL server.
Por lo que veo, quieres hacer un programita para sincronizar 1 sola tabla de las bases de datos, si es MSSQL revisa los linked servers, tal vez te sirva, otra cosa que te puede servir, si tiene id autoincrementable facilitaría las cosas ya que puedes ir leyendo y agregando en la otra tabla con 2 conexiones y componentes para cada tabla.
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