Hola,
me parece muy raro eso que dices que te duplica las filas... Cambiar esta propiedad solo afecta a como se ordena la tabla en la caché local... SI te duplica registros es que algo más está pasando.
Dices que utilizas TTable... Estás utilizando Paradox? No puede ser que tengas los índices corruptos? Has probado a reconstruir la tabla? Has verificado la propiedad RecordCount antes y después de cambiar el índice?