Hola Newtron, gracias por responder.
He utilizado la aplicación en java pero me aparece una ventana para que escoja el certificado digital que voy a utilizar, estaba pensando en una solución más transparente para el usuario final.
Además utilizo un archivo .cer al que pienso ingresarle la clave antes de firmar el documento.
He buscado información y parece ser que importando DLL's de .NET que te realizan la firma es la solución más aceptable, voy a seguir buscando información del tema.
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