Hola.
Prueba seleccionando el TOP 1, de una subconsulta.
Ejplo.
Código SQL
[-]
select fecha, count(lineas.linea) as num_lineas
(select top 1 linea from lineas where lineas.codigo = cabecera.codigo order by linea),
from cabeceras
inner join lineas on lineas.codigo = cabecera.codigo
group by codigo
Saludos.