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Además de lo que dice MAXIUM:
¿Tienes en cuenta el tiempo de conexión?
La conexión puede tardar bastante, comparado con las consultas, pero se realiza solo una vez.
También tienes que tomar en cuenta si es la primera consulta o las siguientes...
Si quieres hacer una prueba, monta algo para que haga una consulta y luego vuelva a repetir, pasando al where valores al azar.
La primera vez, leerá varias páginas de índices y esas cosas. Una vez que tenga eso en cache, puedes hacer la media de los resultados que obtengas.
Tampoco es lo mismo en una base recién restaurada que en una que se ha estado usando... aunque esto no se realmente porqué es...
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