Dependiendo de que tan sofisticado y preciso sea eso, puedes usar lo mismo que con texto plano (ose4a: La fuente RTF). Lo pones todo como texto plano, haces diff y luego recuerdas que numero de linea salio diferente, y luego le marcas las lineas (y dejas que el usuario haga el resto de la diferenciacion
)
Esa seria la forma mas simple posible.
De ahi, el paso que sigue es hacer un parser. Lo que complica la cosa pero lo haria muy preciso.
Sin embargo, podrias reusar un programa de diff como:
http://winmerge.org/
http://gnuwin32.sourceforge.net/packages/diffutils.htm