Que tal algo asi:
Código SQL
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select
filiatorios.apellidos,
filiatorios.nombres,
filiatorio_senas_part.idsena,
filiatorio_senas_part.idubicacion
from filiatorios
inner join filiatorio_senas_part on (filiatorios.idfiliatorios = filiatorio_senas_part.idfiliatorio)
where filiatorio_senas_part.idsena = :sena1 and filiatorio_senas_part.idubicacion = :ubicacion1
union
select
filiatorios.apellidos,
filiatorios.nombres,
filiatorio_senas_part.idsena,
filiatorio_senas_part.idubicacion
from filiatorios
inner join filiatorio_senas_part on (filiatorios.idfiliatorios = filiatorio_senas_part.idfiliatorio)
where filiatorio_senas_part.idsena = :sena2 and filiatorio_senas_part.idubicacion = :ubicacion2
Tambien puedes hace un CASE dentro del WHERE pero no tengo ningun motor SQL a la mano para probar. Igual hay buena literatura al respecto. busca WHERE CASE en google y veras.
Saludos.