Hola a todos.
Ya he conseguido pasar el certificado, en el siguiente enlace
http://www.ajpdsoft.com/modules.php?...rticle&sid=481 hay un ejemplo en delphi de como utilizar las CAPICOM para obeneter los certificados, que ha servido para el SII tambien.
El problema era que para las firmas del almacen de windows hay que pasar el parametro entre comillas dobles "".
Código Delphi
[-]autofirmaCommandLine sign -i c:\carpeta\factura.pdf -o c:\carpeta\firmado.pdf -store windows -alias "ALIAS DEL CERTIFICADO QUE SE OBTIENE EN EL EJEMPLO DEL ENLACE CON CAPICOM"
En el ejemplo se obtiene en certificadoActual.GetInfo (CAPICOM_CERT_INFO_SUBJECT_SIMPLE_NAME)));
Por cierto con esta utilidad se pueden firmar varios tipos de ficheros, pdf, xml, factura-e, etc y con varias politicas de firmas. Lo que hace que puedas prescindir de componentes de terceros para firmar ficheros y no tener que pasar por caja.
Más información sobre esta utilidad y otras en el siguiente enlace
https://administracionelectronica.go...a#.WL_Ne_IlLZx
Un Saludo. Espero que a alguien le sirva.