Hola. Perdona por no haberte contestado pero es que durante el fin de semana procuro desconectar de todo esto.
Una aportación más. Si firmas e-facturas en xml por la línea de comandos, el fichero que se genera si lo validas en la página de la aeat da error de firma. Si lo firmas con el programa a mano funciona correctamente. Pegándome con la documentación y con un poco de suerte, ya que ellos no te dan ninguna ayuda lleque a encontrar que poniendo alguno de los siguientes parametros no da error.
Código Delphi
[-]autofirmacommandline sign -i C\factura.XML -o C:\FacturaFirmada.xml -store windows -alias "ALIAS DEL CERTIFICADO" -format facturae -config signatureProductionCity=MADRID\nsignatureProductionProvince= MADRID\nsignatureProductionPostalCode= 28070\nsignatureProductionCountry= ESPAÑA
Es decir los parametros del final que hacen refencia a la firma.
Un Saludo.