Yo haría lo que dice bitbow.
Lanzaría consultas una tras otra al servidor y mediría el tiempo de respuesta.
Puede ser que el servidor haga la consulta SQL y deje transacciones abiertas y esto haga que cada Query al SQLServer se vuelva mas lenta.
Puede ser que haga una conexión diferente por cada consulta y esto haga que el servidor SQLServer sea cada vez mas lento.
Yo empezaría mirando el Servidor SQLServer... cuantas conexiones abiertas tiene, cuantas transacciones abiertas tiene, que mas está haciendo, etc.
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