La verdad es a mi me ha costado entender todo esto al principio, por qué en Francia funciona de manera diferente.
En España tienes que pagar el IVA en el momento que pides un pago, y por esto estás obligado a emitir factura. Si quieres que el cliente pague por adelantado, entonces la única forma de hacerlo es emitir una primera factura al pedir. Esta factura no tiene el por qué de describir correctamente la mercancía (lote, referencia, número de serie etc.), ya qué todavía no se ha entregado. Por tanto lo habitual es poner «factura de anticipo», aunque en realidad no hay obligación qué sé de mencionarlo. Contablemente la base imponible de esta factura va en una cuenta especial (438).
Si la operación discurre sin problema, luego habrá la entrega con su albarán, y luego un documento contable que mata la primera factura contra la entrega. Esto documento lista el material realmente entregado, y luego le resta el importe de la primer factura ya pagada; es este documento que llamo
factura. Es posible que del punto de vista del reglamento de facturación, no se llame «factura». Pero del punto de visto del informático, realmente se comporta como una factura que cierre una operación de entrega, teniendo en cuenta un pago por anticipo.
Dado que los importes son iguales, la segunda factura sale a 0; y a menudo hay empresas que no la emitan, dado que «no sirve para nada»; el IVA ya está pagado, no entra en esta guerra; y al cliente una factura a 0 no le interesa, por tanto tampoco se le remite (salvo que hay alguna mención que necesita lo contrario, por ejemplo el principio del periodo de garantía). Solo tiene un objetivo, satisfacer al señor contable.
Técnicamente la segunda factura es complementaria de la primera (o al revés, es igual), por tanto no se trata de dos operaciones distintas. Además, hay otros casos dónde vas a tener dos o más facturas para un mismo pedido, como por ejemplo si hay varias entregas (típico de los pedidos por Amazon), o una rectificación de precio.