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Empezado por nuevo1234

Según la FAQ sí se tiene en cuenta, es decir,

Factura_F1
Factura_F2 (ENCADENA CON "Factura_F1")
Anulacion Factura_F1 (No lleva encadenamiento, así lo marca el XSD)
Factura F3 (ENCADENA CON LA Anulacion Factura_F1) es decir justo con la anterior, que en este caso, es una anulación

¿Lo veis correcto?

FAQ:
¿Se tienen en cuenta las facturas anuladas para el encadenamiento?
Sí.
La anulación de las facturas se prevé para el supuesto en que por error se emite una
factura sin que se llegue a producir la entrega de bien o prestación de servicio, es decir,
cuando la operación no ha llegado nunca a realizarse y procede su anulación (DGT
V0611/ 11-3-2011).
A efectos del encadenamiento, sin embargo, puede ser que la factura anulada sea la
inmediata anterior puesto que con independencia de que la anulación puede tener lugar
de manera inmediata subsiguiente a la emisión, o en un momento ulterior, el archivo
XML-TicketBAI correspondiente a la factura que devendrá anulada debe ser remitida y
sirve como factura antecedente a efectos del encadenamiento. Además, es posible que
entre la emisión de la factura que luego se anula y la anulación ulterior puede haberse
emitido facturas válidas, por lo que la factura que ulteriormente pueda ser anulada,
puede tener la consideración de factura anterior a efectos del encadenamiento

Hola nuevo1234,

No hay que encadenar ninguna factura a una anulación.
A lo que hay que encadenar cada factura es la anterior factura, aunque esté anulada (no a su anulación).
Así lo entiendo yo.

Saludos.